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今回は業界の方向けの話題なので、ご興味の無い方はスルーしてください。
先日、金融機関の担保設定で、「国土調査」（ 業界では「国調」ともいいます。意味合いはこちらを参照→ http://bit.ly/1bTBKoz ）によって合筆された土地などが対象になる案件を取り扱いました。
そこで金融機関の若手のご担当者が、いろいろと戸惑われていたのが、何とも初々しくて微笑ましかったので（失礼）、ここで国調により土地の合筆がなされた場合の留意点について、軽くまとめておきます。
● 「合併による所有権登記」と登記済証
国調による合筆がなされると、当該土地の登記簿の表題部には「○番○を合筆／国土調査による成果」と記載されたうえ、甲区には「合併による所有権登記」がなされます。
しかし、通常の合筆の場合とは違って、これは完全な職権登記なので、その所有権登記に関する「登記済証」（または「登記識別情報」）は発行されません。
その所有権登記の「受付年月日・受付番号」欄は、空欄になりますので、当該物件について設定などを行おうとすると「あれ、登記済証はどこで照合するの？」と不思議に思うことになるわけです。
この場合、合筆前の土地全ての登記済証を揃えて、合筆後の土地の登記済証として用いることになります（昭39.8.11民事甲第2765号民事局長通達）。
だから我々は、設定等があるたび、合筆前の土地の閉鎖登記簿を全て閲覧したりしてチェックする必要があるわけで、これがなんとも面倒くさいのですね。
● 建物の所在・家屋番号の不一致
あと、国調で合筆がなされる場合、建物の「所在」欄や「家屋番号」については、何らケアされない、ということにも注意が必要です。
土地の地番は合筆で1つになるのに、建物の所在は複数の土地のうえにまたがったまま（のように見える）状態が続く、とか。そういう、土地と建物の番号の不一致が生じるわけですね。
この点は、普通の合筆でも同じといえば同じなのですが、通常は担当する土地家屋調査士さんが、建物の所在・家屋番号も一緒に変更登記するべき、と提案してくれるはずです。
（……ま、意外にこのへんに無頓着な調査士さんもいらっしゃるし、費用の関係で、あえて建物に関してはスルーすることもあり得るんでしょうけれどもね。）
● まとめ
他にもあるかもしれませんが、とりあえず今回問題になった点は上述のとおりです。
国調だと、費用を支出しなくても合筆の恩恵を受けられるわけですから、基本的にはありがたい制度ではあるのでしょうが、このような問題点もあるので注意しましょう。
? 特に登記済証の問題は、その土地を手放さない限り、ずっとつきまとう問題ですので、なかなか厄介ですね～。